Appendix A. File Format Reference
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Appendix A. File Format Reference

Table of Contents

A.1. Supported Sequence Formats
A.1.1. ABI Trace
A.1.2. ACEDB
A.1.3. ASN1
A.1.4. Asis
A.1.5. Clustal
A.1.6. CODATA
A.1.7. DAS
A.1.8. DAS DNA
A.1.9. Debug
A.1.10. EMBL
A.1.11. Experiment (Staden)
A.1.12. FASTA
A.1.13. FASTA (GCG)
A.1.14. FASTA (Pearson)
A.1.15. FASTA (with accession)
A.1.16. FASTA (database and identifier)
A.1.17. FASTA (GI style)
A.1.18. FASTA (NCBI style)
A.1.19. Fastq
A.1.20. Fastq (Illumina)
A.1.21. Fastq (Sanger)
A.1.22. Fastq (Solexa)
A.1.23. Fitch
A.1.24. GCG 8, GCG 9.x and 10.x
A.1.25. GenBank
A.1.26. GenPept
A.1.27. GFF3
A.1.28. GFF2
A.1.29. Hennig86
A.1.30. Intelligenetics
A.1.31. Jackknifer
A.1.32. Jackknifer (non-interleaved)
A.1.33. MASE
A.1.34. MEGA
A.1.35. MEGA (non-interleaved)
A.1.36. MSF
A.1.37. NBRF / PIR
A.1.38. NEXUS / PAUP (interleaved)
A.1.39. NEXUS / PAUP (non-interleaved)
A.1.40. PDB
A.1.41. PDB (nucleotide)
A.1.42. Pfam/Stockholm
A.1.43. PHYLIP (interleaved)
A.1.44. PHYLIP (non-interleaved)
A.1.45. Raw
A.1.46. RefseqP
A.1.47. SELEX
A.1.48. Staden (obsolete)
A.1.49. Strider
A.1.50. SwissProt
A.1.51. Text/Plain
A.1.52. Treecon
A.2. Supported Feature Formats
A.2.1. DASGFF
A.2.2. EMBL, GenBank, DDBJ
A.2.3. GFF3
A.2.4. GFF2
A.2.5. PIR/NBRF
A.2.6. SwissProt
A.3. Supported Alignment Formats
A.3.1. FASTA
A.3.2. Markx0
A.3.3. Markx1
A.3.4. Markx2
A.3.5. Markx3
A.3.6. Markx10
A.3.7. Match
A.3.8. MSF
A.3.9. Multiple
A.3.10. Pair
A.3.11. Score
A.3.12. Simple
A.3.13. SRS
A.3.14. SRS Pair
A.3.15. TCOFFEE
A.3.16. Trace (debugging only)
A.4. Supported Report Formats
A.4.1. DAS GFF Feature Table
A.4.2. Dbmotif
A.4.3. Debug report format
A.4.4. Diffseq
A.4.5. EMBL Feature Table
A.4.6. FeatTable
A.4.7. Genbank Feature Table
A.4.8. GFF Feature Table
A.4.9. Listfile
A.4.10. Motif
A.4.11. Nametable
A.4.12. PIR Feature Table
A.4.13. Regions
A.4.14. SeqTable
A.4.15. SRS
A.4.16. SRS Simple
A.4.17. SwissProt Feature Table
A.4.18. Tab-delimited Format
A.4.19. Table
A.4.20. TagSeq
A.4.21. Trace Feature Table (debugging only)
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9.10. Troubleshooting Home A.1. Supported Sequence Formats