Appendix A. ACD Syntax Reference

Table of Contents

A.1. Introduction to ACD Syntax
A.1.1. General Syntax
A.1.1.1. Whitespace
A.1.1.2. Comments
A.1.2. ACD Definitions
A.1.2.1. Application Definition
A.1.2.2. Data Definition
A.1.3. Parameter Naming Conventions
A.1.3.1. General Conventions
A.1.3.2. Datatype-specific Conventions
A.1.3.3. Validated Parameter Names
A.1.4. Types of Attributes
A.1.5. Parameters and Qualifiers
A.1.6. ACD File Sections
A.1.6.1. Validation of Sections
A.2. Datatypes
A.2.1. Description of Simple ACD Datatypes
A.2.1.1. array
A.2.1.2. boolean
A.2.1.3. integer
A.2.1.4. float
A.2.1.5. range
A.2.1.6. regexp
A.2.1.7. pattern
A.2.1.8. string
A.2.1.9. toggle
A.2.2. Description of Input ACD Datatypes
A.2.2.1. codon
A.2.2.2. cpdb
A.2.2.3. datafile
A.2.2.4. directory
A.2.2.5. dirlist
A.2.2.6. discretestates
A.2.2.7. distances
A.2.2.8. features
A.2.2.9. filelist
A.2.2.10. frequencies
A.2.2.11. infile
A.2.2.12. matrix
A.2.2.13. matrixf
A.2.2.14. properties
A.2.2.15. scop
A.2.2.16. sequence
A.2.2.17. seqall
A.2.2.18. seqset
A.2.2.19. seqsetall
A.2.2.20. tree
A.2.3. Description of Output ACD Datatypes
A.2.3.1. align
A.2.3.2. featout
A.2.3.3. outcodon
A.2.3.4. outcpdb
A.2.3.5. outdata
A.2.3.6. outdir
A.2.3.7. outdiscrete
A.2.3.8. outdistance
A.2.3.9. outfile
A.2.3.10. outfileall
A.2.3.11. outfreq
A.2.3.12. outmatrix
A.2.3.13. outmatrixf
A.2.3.14. outproperties
A.2.3.15. outscop
A.2.3.16. outtree
A.2.3.17. report
A.2.3.18. seqout
A.2.3.19. seqoutall
A.2.3.20. seqoutset
A.2.4. Description of Selection ACD Datatypes
A.2.4.1. list
A.2.4.2. selection
A.2.5. Description of Graphics ACD Datatypes
A.2.5.1. Graph
A.2.5.2. graphxy
A.3. Application Attributes
A.3.1. documentation:
A.3.2. groups:
A.3.3. keywords:
A.3.4. gui:
A.3.5. batch:
A.3.6. embassy:
A.3.7. external:
A.3.8. cpu:
A.3.9. supplier:
A.3.10. version:
A.3.11. nonemboss:
A.3.12. executable:
A.3.13. template:
A.3.14. comment:
A.4. Global Attributes
A.4.1. Introduction
A.4.2. Global Attributes Table
A.4.3. Parameters and Qualifiers
A.4.3.1. parameter: "Boolean" ("N")
A.4.3.2. standard: "Boolean" ("N")
A.4.3.3. additional: "Boolean" ("N")
A.4.4. User Prompting
A.4.4.1. information: "String" ("")
A.4.4.2. code: "String" ("")
A.4.4.3. prompt: "String" ("")
A.4.5. Datatype Definition
A.4.5.1. knowntype: "String" ("")
A.4.5.2. default: "Value" ("")
A.4.5.3. relations: "String" ("")
A.4.5.4. outputmodifier: "Boolean" ("N")
A.4.5.5. missing: "Boolean" ("N")
A.4.6. Help Information and Documentation
A.4.6.1. help: "String" ("")
A.4.6.2. valid: "String" ("")
A.4.6.3. expected: "String" ("")
A.4.7. Hints for GUIs
A.4.7.1. needed: Boolean ("Y")
A.4.8. For use by SOAPLAB
A.4.8.1. qualifier: "String" ("")
A.4.8.2. template: "String" ("")
A.4.8.3. comment: "String" ("")
A.5. Datatype-specific Attributes
A.5.1. Simple Attributes Description
A.5.1.1. array
A.5.1.2. boolean
A.5.1.3. float
A.5.1.4. integer
A.5.1.5. range
A.5.1.6. regexp
A.5.1.7. pattern
A.5.1.8. string
A.5.1.9. toggle
A.5.2. Input Attributes Description
A.5.2.1. codon
A.5.2.2. cpdb
A.5.2.3. datafile
A.5.2.4. directory
A.5.2.5. dirlist
A.5.2.6. discretestates
A.5.2.7. distances
A.5.2.8. features
A.5.2.9. filelist
A.5.2.10. frequencies
A.5.2.11. infile
A.5.2.12. matrix
A.5.2.13. matrixf
A.5.2.14. properties
A.5.2.15. scop
A.5.2.16. sequence
A.5.2.17. seqall
A.5.2.18. seqset
A.5.2.19. seqsetall
A.5.2.20. tree
A.5.3. Output Attributes Description
A.5.3.1. align
A.5.3.2. featout
A.5.3.3. outcodon
A.5.3.4. outcpdb
A.5.3.5. outdata
A.5.3.6. outdir
A.5.3.7. outdiscrete
A.5.3.8. outdistance
A.5.3.9. outfreq
A.5.3.10. outfile
A.5.3.11. outfileall
A.5.3.12. outmatrix
A.5.3.13. outmatrixf
A.5.3.14. outproperties
A.5.3.15. outscop
A.5.3.16. outtree
A.5.3.17. report
A.5.3.18. seqout
A.5.3.19. seqoutall
A.5.3.20. seqoutset
A.5.4. Selection Attributes Description
A.5.4.1. list
A.5.4.2. select
A.5.5. Graphics Attributes Description
A.5.5.1. graph
A.5.5.2. xygraph
A.6. Calculated Attributes
A.6.1. "Simple" ACD Datatypes
A.6.1.1. string
A.6.2. "Input" ACD Datatypes
A.6.2.1. Sequences
A.6.2.2. Sequence Features
A.6.2.3. Other Inputs (not sequences or features)
A.7. Sequence Types
A.8. Operations
A.8.1. Types of Operation
A.8.2. Retrieving Data Values
A.8.3. Types of Calculations and Tests
A.8.3.1. Arithmetic Operations
A.8.3.2. Tests for Equality
A.8.3.3. Boolean Tests
A.8.4. Conditional Statements
A.8.4.1. Unary Conditional Statements
A.8.4.2. Ternary Conditional
A.8.4.3. Case Conditional
A.8.5. Use of Variables
A.8.5.1. Automatic Variables
A.8.6. Summary of ACD Operators